Analogo per quota e struttura geologica alle catene vicine, ed in particolare alle Mainarde ed ai monti del Parco Nazionale d'Abruzzo, il Matese propone al naturalista una vegetazione simile a quella del resto dell'Appennino calcareo. Ad emozionare i visitatori sono innanzitutto le splendide faggete che occupano una buona parte del settore campano del massiccio. Magnifichi boschi di faggio vengono attraversati dalle strade che salgono da San Gregorio Matese verso i valichi di Bocca della selva e della Selva del Perrone. Altre foreste più silenziose si distendono intorno al Monte Janara, a sud del Lago del Matese. All'interno delle faggete compaiono il tasso, l'acero riccio, l'acero montano, l'agrifoglio ed il sorbo. Poco fitto é invece il sottobosco. A quote più basse domina invece la macchia mediterranea, formata in prevalenza da leccio, che si alterna a boschi di carpino, roverella e cerro. Qua e là si incontra l'ontano napoletano. Nelle zone scoperte crescono l'asfodelo, la genziana e la belladonna. Al di sopra del limite della vegetazione arborea, i pendii del Miletto sono rivestiti da fitti cespugli di ginepro. Tra le fioriture spiccano quelle delle numerose orchidee selvatiche dei generi Orchis, Serapias, Dactylorhiza e Platanthera, che si possono osservare soprattutto, tra la primavera e l'estate, nelle radure che interrompono le faggete.